开工后不久，恰遇三年灾害，大桥被迫停工，1965年，复工之后不久，文革席卷全国，停建复建，到1968年年末，南京长江大桥才正式通车。

武汉长江大桥还在建设期间，另一个造桥计划也在酝酿当中了，这座大桥也是建在长江之上，不过地点是在南京。其实在南京建造跨江大桥的想法，并非始于1949年新政权建立之后，早在1930年，南京国民政府就聘请美国的桥梁专家华德尔进行了南京大桥的实地勘探，勘探之后，华德尔认为“水深湍急，不宜建桥”。

1956年，随着武汉大桥的顺利施工建设，在南京建一座跨江大桥的计划，再次被提上日程。不过，武汉大桥的设计施工，是在苏联专家的帮助下展开的，南京的大桥到底应该引入外援还是自力更生呢？

据曾经担任武汉长江大桥工程局局长的彭敏的回忆，毛泽东曾经特意询问过他，如果新建大桥是否还需要请苏联专家，彭敏回答不需要，这让毛泽东很满意。如此看来，中共决策层对于建桥事宜已经是心有所属，这也为南京长江大桥的建设指明了方向。

1956年5月，铁道部设计总局大桥设计事务所接受了设计南京大桥的任务。12月完成草测，第二年9月在国务院的批准下，南京长江大桥建设委员会正式成立，建设委员会最终选定了宝塔桥桥址的方案。与此同时，委员会还提出，大桥要按铁路、公路两用桥设计，考虑桥下可通万吨级海轮，兼顾城市需要和对美观的要求，并且要求大桥的修建应该遵循“多、快、好、省”的方针。在保证桥下能够通过万吨海轮，大桥原设计净空高度为26米，有部门提出净空高度24米，就可以保证万吨海轮通过，不过海军和航运部门对此有不同意见。

当时担任中共中央总书记的邓小平，召集有关负责人研究后，决定净空维持24米，然而此后反对意见依然没有平息，最终还是由周恩来拍板决定净空高度为24米。1960年1月，大桥正式动工，不过，南京长江大桥在随后的建设中，可谓是一波三折，先是中苏交恶，苏联原定的钢材拒绝提供。开工后不久，恰遇三年灾害，大桥被迫停工，1965年，复工之后不久，文革席卷全国，停建复建，到1968年年末，南京长江大桥才正式通车。

南京长江大桥是中国人自己设计建造的第一座大型桥梁，因此也被称为“争气桥”。然而时至今日，南京长江大桥却引发了存废之争，由于大桥桥身过低，严重阻碍了长江中上游的发展，业已成为束缚长江黄金水道开发的最大瓶颈。